PHPXref

La verdad es que hoy se me está dando muy bien la pesca :). Acabo de encontrar algo que ni siquiera sabía que existiera. Un generador de documentación basado en referencias cruzadas, para proyectos grandes realizados con PHP.

Permite navegar por todo el código utilizando un tree. Puedes buscar clases, funciones, variables, etc. y ver en qué parte del código son referenciadas. Pero lo más bueno es que se puede imprimir el código en un formato perfecto y con la sintaxis coloreada. Aquí puedes ver una demo funcional.

Muy recomendable: PHPXref