Muchas veces te encuentras con un fichero de texto creado en Windows repleto de molestos caracteres de control, como  un ^M al final de cada línea. Aquí tienes varias formas de eliminarlos:

• Usando el programa dos2unix cuyo código es el siguiente:
  

  #!/bin/bash
  [ -z $1 ] && {
  echo “dos2unix – elimina los ^M de final de línea”
  echo “Uso: dos2unix ”
  exit;}

  cat $1 | tr -d ‘\015′ > /tmp/dos2unix.tmp
  mv /tmp/dos2unix.tmp $1

• Desde el editor Vim directamente:
  

  :%s/^M//gc
  (para generar el carácter de control, mantén pulsada la tecla de control, y sin soltarla, pulsa sobre la ‘v’ y luego sobre la ‘m’)